본 연구에서는 자료포락분석(DEA) 기법을 이용하여 전문대학의 상대적 효율성을 분석하고, 이어서 정부에서 수행하고 있는 대학평가 사업별로 집단 간 대학 효율성에 유의한 차이가 있는지를 비교 분석하였다. DEA는 상대효율성을 분석하기 위한 주요 수단이며, 효율은 투입한 노력이나 자원 대비 거두어 들인 성과의 비율을 의미한다. 즉, 상대적 효율성은 생산 활동을 하는 경제 주체가 가진 효율성 중에서 최고치와 비교하여 상대적으로 나타낸 값이다. 본 연구에서는 DEA 모형의 투입변수로는 교사시설확보율, 재학생1인당 장학금, 학생1인당 교육비, 전임교원확보율을, 산출변수로는 신입생경쟁률, 재학생충원률, 졸업생취업율을 선정하였다. 연구 분석결과, CCR모형에 의한 기술효율성은 41개 대학중 10개 대학(24.4%)이, BCC모형에 의한 순수기술효율성은 19개 대학(46.3%)이, 규모효율성은 11개 대학(26.8%)이 효율성 값이 ‘1’인 효율적인 대학으로 분석되었다. 41개 대학의 효율성 평균값은, 기술효율성은 0.9175, 순수기술효율성은 0.9382, 규모효율성은 0.9782로 분석되었다. 대학평가 사업별 집단 간 대학 효율성 비교 분석에서는, 대학구조개혁평가에 의한 재정지원가능대학과 제한대학의 효율성 비교에서는 BCC모형에 의한 순수기술효율성에서 제한대학의 효율성이 오히려 더 높은 유의한 결과(p<0.05)를 보였다. 전문대학 특성화 사업에서는 모든 효율성에서 참여대학의 효율성이 높았으며, 이 중 규모효율성에서 유의한 결과를 보여 참여대학이 비참여대학에 비해 규모의 최적화를 이룬 대학이 많은 것으로 분석되었다. 산학협력선도사업에서는 기술효율성과 규모효율성에서 산학협력선도사업에 참여한 대학이 비참여 대학에 비해 더 높았으나 통계적 유의성을 보이지는 않았다. 본 연구는 전문대학의 상대적 효율성을 이용한 또 다른 관점의 대학평가 방안을 제시하였으며, 기존의 전문대학 평가 방식을 개선하는 데 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.