영리법인에 비하여 비영리법인은 다양한 조세지원을 받고 있으나 그 중 준비금 손금산입제도가 공제단체 비영리법인에게 오히려 불리한 조세지원제도라는 측면이 있어, 이에 대한 규명, 개선의 당위성 확인을 위한 다각적인 방안을 연구하여 실현가능성이 있는 개선방안을 제안하고자 함에 본 연구 목적이 있다. 이를 위하여 해당 이론적 배경 분석과 아울러 당사자 집단과 과세당국, 그리고 세무대리인 등 전문가 집단 간 본 연구 내용에 대한 인식차이가 있는지에 대한 규명과, 이를 근거로 하여 관련 과세제도의 가능한 개선방안에 대하여도 기술통계, ANOVA 분산분석과 우선순위분석을 통하여 실증 분석하였다. 연구결과 공제단체 비영리법인의 고유목적사업 준비금은 부채성 준비금임으로 세법에서 이를 책임준비금으로 인정하도록 하는 세법 개정의 필요성과, 특별법에서 정한 법정준비금에 미달하여 전입하는 준비금은 전액손금으로 인정할 수 있는 특별법 제정의 필요성을 대부분 인식하고 있음을 확인할 수 있었으며 이에 따른 가능한 개선방안을 제기하였다. 일부 부분적으로 집단 간 차이를 보이는 부분과 차이가 없는 부분들에 대하여 실증분석 결과와 결론 부분에 요약 기술하였으며, 본 논문의 연구결과는 관련부분의 세법개정이 이루어질 경우 비영리법인의 과세 공정성과, 조세공평성 및 조세지원의 효율성 등이 제고될 것이며, 비영리법인 운영과 기타 조세환경을 합리적으로 변화시키는 계기가 될 것으로 기대한다.